W XIX wieku naukowcy i lekarze postanowili dociec, skąd bierze się u kobiet zachorowanie na endometriozę. Do dziś jednak nie udało się ocenić z całą pewnością, co może powodować tę chorobę, a tymczasem zapada na nią coraz więcej kobiet. Istnieje kilka hipotez dotyczących zachorowania na endometriozę, jednak żadna z nich nie jest stuprocentowo potwierdzona klinicznie.

Jedną z hipotez, postawionych na początku lat 20. XX wieku jest regurgitacja, czyli inaczej zwana wsteczna menstruacja. Autorem tej hipotezy jest dr Sampson. Według niego, podczas menstruacji u kobiet krew miesięczna w nieznacznym stopniu cofa się do jamy macicy, a także potrafi oblewać inne organy wewnętrzne, na przykład otrzewną. Proces ten miałby zachodzić u większości kobiet na świecie, jednak u kobiet zdrowych układ odpornościowy radziłby sobie z krwią i skrawkami błony śluzowej, które zostałyby przeniesione w sąsiedztwo innych narządów. U kobiet chorych proces radzenia sobie organizmu z tymi elementami byłby upośledzony, przez co powstałaby endometrioza. Teoria ta jest poniekąd prawidłowa, z racji na fakt, że zjawisko wstecznej menstruacji odbywa się, co udowodniono klinicznie, u około 90% wszystkich kobiet. Nie tłumaczy to jednak nadal, z jakiego powodu ogniska endometriozy znajdowane były m.in. w płucach.

Inną teorią na temat patogenezy endometriozy jest przekonanie o metaplazji. Metaplazja jest to proces, podczas którego część komórek z nieznanych przyczyn zmienia swoją formę i funkcję, znajdując się poza właściwym narządem. Jest to jednak teoria bardzo niepewna, głównie z racji na fakt, że nie wiadomo do końca, kiedy taki proces miałby zachodzić. Nie zostało udowodnione, że komórki w którymś stadium rozwoju zachowują zdolność do przekształcania się i zmiany swoich funkcji. Według części sympatyków tej teorii, komórki macicy jeszcze na etapie rozwoju embrionalnego nie rozwijają się prawidłowo, powodując w przyszłości stany chorobowe. Według innej grupy specjalistów, niektóre komórki już w dorosłym wieku miałyby zachowywać zdolność do przekształceń. Teoria ta jednak jest zbyt niepewna, aby móc się na niej całkowicie oprzeć.

Kolejną teorią, niedostatecznie jednak wyjaśniającą przyczyny pojawiania się endometriozy, jest teoria o implantacji, czyli mechanicznym przeniesieniu jednych komórek ciała w inne, nieprawidłowe miejsce. Teoria ta mogłaby wyjaśniać wypadki występowania endometriozy u kobiet po operacjach, np. cesarskim cięciu czy zabiegach laparoskopowych, podczas których możliwa jest implantacja mechaniczna komórek ciała. Nadal jednak nie tłumaczy to powstawania choroby u kobiet, u których nie wykonywano zabiegów.

Istnieją jeszcze trzy teorie, po części tłumaczące możliwość rozwoju choroby. Jedna z nich utrzymuje, że choroba rozwija się w momencie osłabienia układu immunologicznego oraz przy niesprzyjających warunkach środowiskowych, na przykład w miejscach, gdzie zanieczyszczenie środowiska jest znaczne. Druga mówi o możliwości przenoszenia się endometriozy przez rozsiew, tj. przenoszenie cząstek błony śluzowej przez układ krwionośny i limfatyczny. Jedyną potwierdzoną teorią, nie tłumaczącą jednak przyczyn powstawania choroby, a prawdopodobieństwo jej wystąpienia, jest dziedziczenie endometriozy – na zachorowanie najbardziej narażone jest rodzeństwo oraz córki chorej kobiety.

Argument dotyczący wpływu środowiska oraz psychiki, a także złej kondycji fizycznej na częstotliwość występowania endometriozy wydaje się być słuszny, patrząc na wzrost zachorowań w obecnych czasach. Należy jednak pamiętać, iż dopiero niedawno udało się znaleźć stuprocentowo skuteczny sposób na diagnozowanie tej choroby, przez co logicznym jest, że liczba udokumentowanych przypadków zachorowalności na nią wzrosła.