Objawy endometriozy nigdy nie wskazują jasno na tę jednostkę chorobową, stąd niezbędne jest wykonanie dodatkowych badań diagnozujących. Do najczęściej występujących objawów endometriozy można zaliczyć przede wszystkim bóle o różnym natężeniu, występujące w trakcie cyklu miesięcznego i obejmujące głównie okolice miednicy. Bóle te, w zależności od przypadku, mogą być silne bądź słabe – nie odnosi się to do zaawansowania choroby, ani ilości ognisk chorobowych. Dodatkowo, często ból jest również jedynie czasowy, występujący najczęściej przed i w czasie miesiączki. Nieraz jest tak silny, że występują m.in. zawroty i bóle głowy. Może występować, choć rzadziej, również w trakcie owulacji oraz obejmować odcinek lędźwiowo-krzyżowy kręgosłupa.

W przypadku, gdy ogniska endometriozy występują również w innych narządach i miejscach organizmu, kobiety uskarżają się na różne bóle. Najczęściej jest to ból związany z oddawaniem moczu bądź ból jelit połączony z biegunką, zatwardzeniami czy wzdęciami regularnie powtarzającymi się w trakcie miesiączek. Może występować również krwawienie z odbytu czy pęcherza podczas miesiączki, trudno jest je jednak zauważyć.

Jednym z objawów może też być ból podczas odbywania stosunku seksualnego bądź po nim, jednak tutaj ocena powinna być ostrożna – w wielu przypadkach taki ból wynika z nastawienia psychicznego kobiety.

W przypadku kobiet nie stosujących metod regulacji krwawień, krwawienia podczas występowania endometriozy mogą być silne, nieregularne. Często kobiety cierpiące na tę jednostkę chorobową uskarżają się również na ciągłe poczucie zmęczenia oraz słabości, czują się rozbite psychicznie.

Wskazaniem do badań pod kątem endometriozy jest bezpłodność – obecnie uważa się, że jeśli po dwóch latach starań o dziecko nie zostaje ono poczęte, ma się do czynienia z bezpłodnością. W przypadku endometriozy, bezpłodność może być nie tylko objawem, ale przede wszystkim – skutkiem choroby.

U wielu kobiet nie występują żadne objawy związane z endometriozą – nie jest to zależne od zaawansowania choroby. Takie przypadki obejmują około 5% zachorowań i często są najbardziej niebezpieczne – stąd należy poddawać się regularnym badaniom ginekologicznym.